关于圣经正典目录，在基督宗教范畴，新约27卷是没有争议性。而都是确定为正典。对于旧约正典的目录，39卷是没有争议的，而剩下的内容则是有一定的争议性。
其中一部分经卷是希伯来正典没有，而七十士译本中有的经卷，在宗教改革之后，被称呼为次经。
新教内部，如高派圣公会是承认次经为圣经正典；在1928年公祷书，每日经课表中还有选读称呼为次经内容。天主教则是于天特会宣布所有经卷皆为圣经正典。而正教则有一些希腊文抄本上的差异。
关于争议性经卷，基督宗教各派的对比：
关于目录的分别和注解：
- 东正教的次经目录比天主教会多收录的经卷是：艾斯德拉纪一、玛喀维传三、玛拿西祷言、诗篇一百五十一篇和玛喀维传四。
- 只在斯拉夫东正教的旧约圣经中收录的次经：艾斯德拉纪二 Esdras II。
- 在希腊正教会和斯拉夫东正教的旧约圣经中收录的次经有：艾斯德拉纪一 Esdras I（除去第3、4章以外，相等于《历代志下》第35至36章、《以斯拉记》全部和《尼希米记》第6至8章）、玛喀维传三 Maccabees III、玛拿西祷言 Prayer of Manasseh（放在《历代志下》33章）、诗篇151。
- 作为希腊正教会旧约圣经附录的次经：玛喀维传四 Maccabees IV。
- 新教圣公会次经目录中的以斯拉续编上卷、以斯拉续编下卷和玛拿西祷言并不在天主教的旧约书卷中。
- 关于以斯拉（艾斯德拉）的一些分法。
也就是说，在西方教会宗教改革之前，旧约正典目录在东西方教会仍是有区别的。同样，在宗教改革之后，圣公会的这部分经卷目录与天主教原来的目录仍旧有区别的。但是，却没有因为经卷问题进行争论。
而到了宗教改革的时候，马丁路德对于旧约某些经卷采取了与耶柔米相类似的观点。可能是教义先行，为了教义而裁剪了一些经卷。但，这样的说法也不合理的，因他恨恶玛喀比传下卷一样的恨恶以斯帖记、雅各书。但，路德并没有将它们踢出圣经的正典。
在路德之后，其实信义宗很长时间内，是印刷附带有“次经”的圣经，只是没有混在旧约中，而是单独的列出来。没有“次经”的新教圣经，始于清教徒运动，并进而在整个英语世界流行，成为统治地位的传统。由于“圣经公会”是发端自英国，也导致了后来其他很多语种的圣经不包含“次经”部分，因为圣经公会不资助包含“次经”的圣经出版。
总体上说，东方教会和西方教会这部分有一点差别。而西方教会的天主教和圣公会也是有一定的差别。
