法蘭西斯乃阿西西一位富商之子，約於主後一一八一年生於該城。他少年時頗具騎士風度，甚好遊樂，然而素有高尚的榮譽感。一日，有一窮人因愛基督之故向他求施捨；法蘭西斯一反平日的習慣，將他拒絕。隨即他心中深受責備，便厚厚賙濟那窮人，並向上帝許願，此後凡有人向他求施捨，決不再加以拒絕。後來阿西西與佩魯賈發生戰事，法蘭西斯與其他數人一同被佩魯賈人擄去。在整整一年的囚禁之中，他始終滿懷喜樂，安慰同受囚禁的人。然而他一獲釋，便患了重病；經過這場疾病，他的心志從此更加沉穩。病癒之後，他志願從軍，加入在義大利南部為教宗領地而戰的軍隊。但在策馬赴戰途中，他遇見一位出身高貴、卻因遭逢不幸而衣衫寒陋的人。法蘭西斯因憐憫他，便與他交換了衣服。當夜，他夢見一座宏偉的宮殿，其中滿是鎧甲與威武的兵器，而這一切兵器之上，都有十字聖號；他便思想這異夢究竟有何意義。然而他再次病倒，只得返回家鄉。此後，他更加勤於祈禱，求上帝使他明白自己的旨意。有一次，他偶然遇見一個痲瘋病人；那人的形貌令他心生恐懼與厭惡，他便轉身避開。但隨即他明白，自己尚缺少基督所有的憐憫。於是他轉身回去，擁抱並親吻那痲瘋病人；到了這時，他才覺得自己配得向他施以賙濟。

此後，法蘭西斯越發專心於祈禱及仁愛的善工，以致許多人都說他已經發狂。當他捐出一大筆款項，以修復已經荒廢的天使之后聖母堂時，他的父親極其惱怒，並嚴厲待他。父子之間的爭執最後被帶到主教法庭。在那裡，法蘭西斯放棄了自己的家產繼承權，又脫去身上的衣服；正如他自己所說，從此便能更有資格說：「我們在天上的父。」於是主教給他披上一件農人的粗布衣袍；這便成了後來法蘭西斯會會衣的由來。此後有一次，他在彌撒中聽見福音的話說：「你們腰袋裏不要帶金銀銅錢；行路不要帶口袋，不要帶兩件褂子，也不要帶鞋和拐杖。」法蘭西斯決意以這些話作為自己和聚集在他身邊的十二位同伴所遵守之生活規則的根基；由此，小兄弟會，亦即貧窮弟兄會，遂告成立。主後一二〇九年，他前往宗座求准其修會生活方式，但起初並未蒙准。當夜，教宗依諾增爵三世作了一夢；在夢中，他看見基督教世界的首要聖堂根基動搖，幾乎傾覆，然而先前被他拒絕的那人走上前去，作為支柱將聖堂扶住，使其重新穩固。因此，教宗遣人召回法蘭西斯，批准了他的會規及修會制度。此後，法蘭西斯差遣眾弟兄往普天下宣講福音；他自己則前往敘利亞，渴望在穆斯林中傳揚信仰，並為此獲得殉道的冠冕。

然而，蘇丹以友善之意接待法蘭西斯，又以溫和的言語將他遣回，因此他尋求殉道的心願未能實現，只得返回義大利。此後，他退隱到阿爾維納山的幽靜之處，禁食祈禱。主後一二二四年九月，約在聖十架日前後，他在那裡看見一個關於被釘十字架之基督的榮耀而可畏的異象；在這異象中，基督的五處聖傷印在了他的身體上。自此以後，他身上一直帶著這五傷；無論在他生前或去世之後，都有許多可信的見證人親眼看見。兩年之後，他病勢沉重，自知將死，便依自己的請求，被抬往他所稱的「上帝所賜給我們的小份地」；這地方就是上述的天使之后聖母堂。主後一二二六年十月三日，晚禱時分，他在那裡安息主懷，臨終時誦念：「求你領我的靈魂出離牢獄。」主後一二二八年，他被列入聖品。此後，他為普世基督徒所敬愛，亦被稱為穆斯林的使徒，因為他曾為他們的緣故渴望獲得殉道。